La FIDE est fondée à Paris le 20 juillet 1924, à l'initiative du Français Pierre Vincent. À ce moment, elle sert de lien de communications entre les différentes fédérations nationales.
La FIDE des premières années est peu influente. Principalement parce que l'Union soviétique, mêlant jeu d'échecs et politique, refuse d'y adhérer. Cela change pourtant à la mort du champion du monde en titre Alexandre Alekhine en 1946. La FIDE organise un tournoi pour le suppléer. L'Union soviétique se joint alors à elle. Depuis ce tournoi en 1948 jusqu'à 1993, la FIDE a été seule organisatrice des championnats du monde.
Non sans heurts : à défaut d'accords, Bobby Fischer perd son titre sans jouer en 1975. En 1985, le président Florencio Campomanes interrompt le match Anatoli Karpov - Garry Kasparov. En 1993, Garry Kasparov et son prétendant Nigel Short quittent la FIDE et créent la Professional Chess Association (PCA). Depuis lors existent deux championnats du monde : le Championnat du monde FIDE (dont la dernière édition en octobre 2005 a vu la victoire de Veselin Topalov), et le Championnat du monde « classique » (PCA), dont le Champion du monde est Vladimir Kramnik, qui a détrôné Garry Kasparov en 2000. L'accord de Prague est conçu par le grand maître américain Yasser Seirawan visant à réunifier les deux championnats du monde, mais cet accord échoue. Il faudra attendre 2006 pour que le match de la réunification ait enfin lieu. Il voit la victoire de Kramnik sur Topalov.
La FIDE a déclaré souhaiter que le jeu d'échecs devienne une discipline olympique. En 1999, elle est reconnue par le Comité international olympique (CIO). Deux ans plus tard, elle applique le règlement anti-dopage du CIO aux échecs. En 2003, création d'une organisation parallèle de la FIDE, l'Association des professionnels des échecs (ACP), fondée par le GM français Joël Lautier, et qui vise à mieux défendre les intérêts des joueurs professionnels, en particulier face au pouvoir de la FIDE.
Depuis le 66ème congrès tenu à Noisy-le-Grand (France) en novembre 1995, le président de la FIDE est Kirsan Ilioumjinov, qui dirige également la Kalmoukie, petite république russe. Bien que contesté, il a néanmoins été largement réélu par 96 voix contre 54 en 2006 face à Bessel Kok, et réélu à nouveau en 2010 par 95 voix contre 55 face à Anatoli Karpov. Le système électoral instauré dans les années 1980, consistant à accorder une voix à chaque fédération nationale, indépendamment du nombre de membres qu'elle revendique, rend prépondérant le vote des petites fédérations. En 2008, la FIDE compte 162 membres.
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